In den Beständen der Universitätsmedizin befinden sich laut einer Umfrage unter den über 50 Einrichtungen etwa 10.000 Objekte. Dabei handelt es sich um Naturalia wie Präparate, Knochen und pflanzliche Drogen sowie Artificialia wie Apparaturen, Instrumente, Bilder, Fotos oder Modelle. Von besonderer Stellung sind die Sammlungen (siehe unten), die als solche in der Datenbank für Universitätsmuseen des Helmholtz-Zentrums für Kulturtechnik (Berlin) verzeichnet sind.

Für die Forschung, aber auch zur Nutzung der Bestände für die Lehre und die Repräsentation der jeweiligen Disziplin und Einrichtungsgeschichte wurden die Bestände und Sammlungen in Zusammenarbeit mit den jeweiligen Einrichtungen dokumentiert, inventarisiert, digitalisiert und systematisiert.

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