Die Geschichte der Medizin gehört gemeinsam mit der Geschichte medizinischer Gelehrsamkeit zu den älteren Fächern der Rostocker Universitätsmedizin. In den 1797 aus Überlegungen der Reformierung des Medizinstudiums entwickelten Statuten der Rostocker medizinischen Fakultät, die zwei Jahre später durch Herzog Friedrich Franz von Mecklenburg in Kraft gesetzt worden sind, sind diese Wissensgebiete bzw. Fächer vorgesehen. Die Umsetzung dieser Absichten sollte allerdings ein Weg mit vielen Hindernissen und Rückschlägen werden. Zunächst war für das Fach keine spezielle Professur vorgesehen.

Seit der Wende vom 19. zum 20. Jahrhundert zählte die Lehre im Fach „Geschichte der Medizin“ zum Fachkanon des Medizinstudiums. Zunächst gehörte die Vermittlung medizinhistorischer Grundkenntnisse zu den obligaten Lehrverpflichtungen der Pathologen (Ernst Schwalbe, Walter Fischer) und des Pharmakologen (Rudolf Kobert). Aber auch andere Fachvertreter führten fachhistorische Lehrveranstaltungen durch, so der Dermatologe Walter Frieboes und der Internist Friedrich Martius.

Im Zusammenhang mit dem Universitätsjubiläum 1919 wurde die Frage einer Etablierung des Faches diskutiert. Karl Sudhoff, der damals bekannteste Medizinhistoriker Deutschlands, schaffte es, seinen Schüler Walter von Brunn in Rostock ins Gespräch zu bringen. Seit dem Zwischensemester 1920 führte von Brunn, nachdem er sich in Rostock habilitiert hatte, medizinhistorische Lehrveranstaltungen durch. Sein Wunsch, ein „Medizinhistorisches Seminar“ zu begründen, wurde von der Fakultät und dem Kultusministerium in Schwerin nicht mitgetragen. 1933 übernahm von Brunn die Leitung des von Karl Sudhoff begründeten Instituts für Geschichte der Medizin und der Naturwissenschaften an der Leipziger Universität.

Bis Mitte der 1980er-Jahre gehörte die Vorlesung „Geschichte der Medizin“ in Rostock zu den Lehrverpflichtungen des Philosophen und Gesellschaftswissenschaftlers Ulrich Seemann. Sein Nachfolger war der Pädiater Roland Busch.

Anfang der 1990er-Jahre gab es zunächst Vorstellungen über die Einrichtung einer Professur für Geschichte der Medizin an der Universität Rostock, die sich jedoch bald zerschlugen. Stattdessen wurde an der Greifswalder Universität eine „Landesprofessur“ unter Beibehaltung des dort bereits bestehenden Instituts geschaffen und mit Heinz-Peter Schmiedebach besetzt. Zu seinen Aufgaben gehörte auch die medizinhistorische Lehre in Rostock. Dafür wurde in Rostock eine Mitarbeiterstelle eingerichtet, die bis 2018 der Medizinhistoriker Hans-Uwe Lammel innehatte. Zum Ende des Jahres 2018 übernahm der Psychiater Ekkehardt Kumbier die Leitung des Arbeitsbereichs.

Mittlerweile ist der Rostocker Arbeitsbereich Geschichte der Medizin eine selbständige Einrichtung der Universitätsmedizin Rostock.